Dom Carlos Alberto, ao assumir o governo Arquidiocesano, manifestou logo o desejo de se implantar Diaconato Permanente na Arquidiocese. Monsenhor João Alves Guedes, então coordenador geral de Pastoral, fez uma carta de consulta ao clero sobre a viabilidade ou não de se implantar a formação diaconal. A resposta do clero foi bastante acanhada. Poucos meses depois apareceu a idéia de se realizar um Sínodo na comemoração do centenário de criação da Arquidiocese. Depois dos trabalhos preparatórios o Sínodo aconteceu em onze sessões de 1993 a 1994 que aprovou, através da autoridade do então Arcebispo Dom Carlos Alberto, o Documento Sinodal que determinou, na página 63, nº 93, o seguinte: “Instaurar o Diaconato Permanente na Arquidiocese”.
Imediatamente começou-se o trabalho de seleção para possíveis aspirantes à sagrada ordem diaconal. Neste trabalho, Mons. João Alves Guedespude pode contar com a colaboração dos padres Cássio, Tarcísio e Manuel, onde começou a formação nos sábados ajudados pelo Instituto de Formação Estrela da Evangelização.
Em 16 de dezembro de 2000, quando o Arcebispo completava 25 anos de ordenação Episcopal, foram ordenados os dezessete primeiros Diáconos, no Estádio do Caio Martins. Nesta data a Igreja que está em Niterói começava escrever uma nova página bastante amadurecida com a primeira comunidade diaconal.
Pensava-se inaugurar logo uma escola para a formação dos futuros diáconos. Não foi assim: somente dois anos depois, Dom Carlos Alberto encarregou a Monsenhor Guedes para retomar os trabalhos. Começamos a elaborar o Estatuto com a preciosa colaboração de alguns diáconos. Parecia que a Escola Diaconal estava pronta para nascer no inicio de 2003. Não era assim que o Senhor determinou: o Arcebispo caiu enfermo nos meados do mês de janeiro e no dia da festa da Apresentação do Senhor a Arquidiocese se tornou sede vacante com o falecimento de Dom Carlos Alberto Etchandy Gimeno Navarro. Todos os projetos foram suspensos; não as esperanças.
Em 24 de novembro do mesmo ano tomava posse, como Arcebispo de Niterói, Dom Frei Alano Maria Pena que convocou Mons. João Alves Guedes, os Diáconos Reginel, José Carlos e Luiz Carlos para um encontro. Naquela ocasião foi entregue o Estatuto, toda a elaboração do curso com as disciplinas, sugestões de local de funcionamento da Escola, os dias e horas das aulas. Dois dias depois o Senhor Arcebispo telefonou para o MOns. Guedes dizendo: “gostei de tudo o que li, vi e ouvi; comece logo a Escola Diaconal”. E foi assim que no dia 03 de agosto de 2004 nascia a Escola Diaconal Maria Auxiliadora.
No dia 15 de maio de 2004, a Escola Diaconal Maria Auxiliadora, começou com apresentação dos possiveis candidatos e teve um relato através de uma lindíssima dinâmica que foi assim: Aos quinze dias do mês de maio de 2004, no Seminário Arquidiocesano São José de Niterói, sob a direção do Monsenhor João Alves Guedes, auxiliado pelos membros da Comissão Arquidiocesana para o Diaconato Permanente, reuniram-se quarenta e dois homens, futuros alunos da Escola Diaconal Maria Auxiliadora, apresentados pelos seus respectivos Párocos, tendo como objetivo um maior conhecimento dos então postulantes e a apresentação do Regimento e das normas da nova Instituição de Formação Diaconal. Ao final da reunião foi aplicada uma dinâmica onde os referidos postulantes, com um breve texto, manifestaram suas expectativas e preocupações:
Uma vez, na Arquidiocese de Niterói, na manhã do dia 15 de maio de 2004, sábado, reunidos no Seminário São José, um grupo de homens que professa a fé católica, com o auxílio do Espírito Santo, receberam um chamado da Igreja para servir a Cristo na pessoa do irmão. Com espírito de doação, amor e gratidão a Deus, por amor à Igreja, Diaconisa do Reino, sob o auxílio de Maria, embora cheios de dúvidas em seus corações, disseram SIM para a honra e glória do PAI, inaugurando a Escola Diaconal Maria Auxiliadora no intuito de aprimorar a formação de novos homens para o serviço Diaconal através do discernimento vocacional. Desejosos de estarem juntos ao CRISTO SERVO, comprometidos e determinados, apesar de servos inúteis, para colaborar com o senhor Arcebispo e os presbíteros, apoiados pelas comunidades e seus familiares, em união com toda Igreja, evangelizando a sociedade e a família, valorizando o celibato, testemunhando a transformação realizada por Cristo em suas vidas, pediram a Deus que enviasse o Espírito Santo e os enchesse de conhecimentos, de sabedoria, humildade e obediência, para o propósito de anunciarem a boa nova do Reino.